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《魔法阵少女》故事设定在架空的魔法时代“魔法阵世纪”，国家最强军事力量魔法阵支配着世界的平衡，能够自如操控魔法阵的少女们被称为“魔法阵少女”。魔法阵世纪2999年，大陆发生崩坏，超大国メガロエリア国土迅速减少，国内矛盾激化，开始侵入近邻诸国，一时间战乱四起，世界各地都陷入战火之中。掌握着魔法阵力量的魔法阵少女们被推到国家与时代的风口浪尖，乱世之中，她们如何生存与抗争……